آیت الله شاهرودی دارای ١٢ فرزند هستند که این ۱۲ فرزند، شامل هفت دختر و ۵ است که ۳ نفر از ایشان در امورات دفتر آیت الله شاهرودی مشغول به کار هستند.
سید علاء مشغول ادامه تحصیل در حوزه علمیه قم بوده و رییس دفتر مرجعیت آیت الله شاهرودی در قم است.
سید اعلاء هاشمی شاهرودی فرزند آیت الله هاشمی شاهرودی
سید باقر و سید هادی نیز در حال تحصیل سطوح عالی حوزه هستند. سید باقر هاشمی شاهرودی رییس دفتر تهران آیت الله شاهرودی است و سید هادی مدیریت مدرسه علمیه آیت الله را برعهده دارد.
سید هادی هاشمی شاهرودی فرزند آیت الله هاشمی شاهرودی
سید هادی هاشمی شاهرودی فرزند آیت الله هاشمی شاهرودی