به گزارش ثریا، جعفر توفیقی با اشاره به استقلال دانشگاه‌ها گفت: در بند الف قانون ۴۹ برنامه چهارم چنین متنی است که دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی که مجوز تأسیس از شورای گسترش دارند از تمام قوانین کشور مستثنی هستند و در امور اداری، استخدامی، تشکیلاتی و مالی صرفاً با مصوبات هیئت‌های امنای دانشگاه خود اداره می‌شوند که به تأیید وزرای علوم و بهداشت نیز رسیده باشد.
وی ادامه داد: بنابراین حیطه استقلال و یا اختیارات دانشگاه همین مصادیقی است که در قانون مصوب مجلس آمده است یعنی امور اداری، استخدامی، مالی، برنامه‌ریزی و تشکیلاتی، اینکه تصور می‌شود استقلال دانشگاه به معنای جدا بودن از سیاست کشور یا سیاست کلان بوده، درست نیست.
وزیر اسبق علوم با بیان اینکه دانشگاه‌ها وارد آن حیطه نمی‌شوند افزود: دانشگاه‌ها آنچه که مربوط به اداره خودشان است مانند اینکه اعتبارت تخصیص یافته توسط دولت چگونه در دانشگاه هزینه شود، چند درصد به پژوهش اختصاص داشته باشد، چند درصد به آموزش یا اینکه سازمان اداری دانشگاه چگونه باشد، می‌پردازند.
عضو هیئت علمی دانشگاه تربیت مدرس افزود: بنابراین این مساله در قانون برنامه پنجم هم تکرار شده و به قانون دائمی تبدیل شده است در قانون وزارت علوم که سال ۸۳ به تصویب مجلس رسید نیز این موضوع درج شده است.
رئیس پژوهشگاه صنعت نفت افزود: بنابراین خیلی امیدوارم وزارت علوم و شورای عالی انقلاب فرهنگی به سمت پیاده سازی تدریجی این قانون حرکت کنند چرا که دانشگاه‌ها هم باید یک آمادگی‌هایی را کسب کنند که بتوانند با این اختیارات خود را اداره کرده و با صنعت و جامعه ارتباط بیشتر داشته داشته و برنامه درسی خود را به روز کرده و دانشگاهی داشته باشند که بتوانند خودشان آن را اداره کنند.