به گزارش ثریا آیت‌الله سید روح‌الله موسوی خمینی آن حکیم ژرف‌اندیش و پدر مهربان، توجه ویژه‌ای به جوانان به ویژه دانشجویان و دانشگاهیان داشتند.  ایشان برای دانشگاه به علت مرجعیت علمی و برای حوزه‌های علمیه به علت مرجعیت دینی و اخلاقی، اعتبار کم‌نظیری قائل بودند.

امام خمینی دانشگاه را مرکز سعادت و شقاوت ملت و مبدا و منشاء همه تحولات کشور می‌دانستند به همین دلیل بعد از پیروزی انقلاب اسلامی خواستار اسلامی شدن دانشگاه‌ها شدند. اعلام انقلاب فرهنگی از اواخر خرداد ۱۳۵۹ تا تابستان ۱۳۶۲ موجب تعطیلی نظام آموزش عالی و آموزش و پرورش و اعمال اصلاحات ساختاری در آنها و بازنویسی کتاب‌های دانشگاهی و مدرسه‌ای با رویکرد دینی و علمی شد.

بنیانگذار فرزانه انقلاب اسلامی ۱۳ ماه قبل از این رویداد سیاسی، اجتماعی، فرهنگی در تاریخ ۲۳ اردیبهشت ۱۳۵۸ در جمع استادان و دانشجویان مراکز تربیت معلم استان گیلان که در قم انجام شد، بیان کردند: «مقام دانشجو و بعد هم مقام معلم، دانشجوها ذخایر این ملت هستند، مقدرات مملکت ما در آتیه به دست دانشجویان امروز است، یعنی در هر رشته‌ای که باشند، در رشتۀ حقوق باشند یک نحو مقدرات در سایر رشته‌ها هم شئونات مختلفۀ کشور در دست دانشجویان است که آتیۀ کشور را آنها باید اداره بکنند چنانچه معلمین تربیت کننده اشخاصی هستند که آنها باید مقدرات مملکت را به دست بگیرند، یعنی سعادت یک مملکت کلیدش به دست معلم است و به دست دانشجو.

اول معلم که باید تربیت کند قشرهای جوان را و بعد خود جوان‌ها که باید مملکت را اداره کنند، بنابراین هر مملکتی در عالم، هر کشوری در عالِم موجودیتش بسته است به دست دانشجو و معلم. کلید سعادت به دست معلم است و همان قدر که معلم بزرگ است مسؤولیتش هم بزرگ است. همان قدری که عالم بزرگ است مسؤولیت عالم هم بزرگ است و این فرق نمی‌کند به اینکه عالم در دانشگاهها باشد یا عالم در علوم قدیمه. ‌

از دانشگاهها و مدارس سعادت ملتها شروع می‌شود. دانشگاهها و مدارس هستند که تمام مقدرات مملکتی را آنها هستند که اداره می‌کنند. سعادت یک ملت به دست دانشمندان آن ملت است. دانشمندان ملت اگر انحراف نداشته باشند، استقامت داشته باشند، بر طریق مستقیم باشند ملت هم به طریق مستقیم کشیده می‌شود و ملت هم سعادتمند می‌شود و اگر خدای نخواسته انحرافاتی در دانشگاهها در دانشکده‌ها، در مدارس قدیمه، در مدارس جدیده انحرافاتی پیدا بشود، از آنجاست که انحراف ملت پیدا می‌شود. ‌

ملت‌ها چشمشان به دانشمندها دوخته است، اگر چنانچه عالِم فاسد بشود عالَم فاسد می‌شود، «اذا فسد العالِم فسد العالَم» برای اینکه عالم چشمش را به عالِم دوخته است توجه تودۀ مردم به متفکرین کشور است، به علمای کشور است. اگر خدای نخواسته آنها فاسد بشوند همۀ کشور به فساد کشیده می‌شود، و اگر آنها صالح باشند همۀ کشور به صلاح و سداد کشیده می‌شود. بنابراین هم شما قشر دانشجو که می‌خواهید دانشمند بشوید ان شاءالله ـ و خواهید شد ان شاءالله ـ هم شما بزرگ هستید و بزرگوار و هم شما مسئول هستید و ملتفت باشید که این مسئولیت را، این باری که به دوش شما آمده است، خواهی نخواهی به دوش شما و به دوش همه این مسئولیت آمده است، و خدای‌ علما در هر جا باشند از باب اینکه مردم به آنها توجه دارند اگر صالح باشند خواه ناخواه مردم را به صلاح می‌کشند، و اگر فاسد باشند خواه ناخواه مردم را به فساد می‌کشند. ‌»

امام امت در دیدار جمعی از پزشکان، استادان و دانشجویان دانشگاه شیراز که در تاریخ ۱۶ خرداد ۱۳۵۸ در قم انجام شد، دانشگاه را مرکز سعادت و شقاوت ملت دانستند و بیان کردند: «... دانشگاه مرکز سعادت و در مقابل، شقاوت یک ملت است. از دانشگاه باید سرنوشت یک ملت تعیین بشود. دانشگاه خوب یک ملت را سعادتمند می‌کند و دانشگاه غیر اسلامی، دانشگاه بد، یک ملت را به عقب می‌زند.

در رژیم سابق، شاید از همۀ جنایتها، جنایت اینکه دانشگاه را به طور صحیح نگذاشتند عمل بکند شاید از همۀ جنایات بالاتر باشد. آنچه که در اسلام مطرح است اموال نیست؛ مادیات نیست؛ معنویات است که باید از دانشگاه به همۀ اقشار سرایت بکند. یعنی چه دانشگاه شما و چه دانشگاه روحانیون.  این دو قشر هستند که تربیت امت به عهدۀ این دو قشر است. این دو قشر از همۀ قشرها شریف‌تر و از همۀ قشرها مسؤولیت‌شان بیشتر است.

عمل شریف، برای اینکه مرکز انسان درست کردن است. دانشگاه باید مرکز درست کردن انسان باشد. چه دانشگاه روحانی و چه دانشگاه شما. و این یک امری بوده است که انبیا ـ علیهم السلام ـ مأمور بر همین امر بوده‌اند که انسان درست کنند. کتب آسمانی، همۀ کتب آسمانی، برای انسان ساختن آمده است. اگر انسان ساخته بشود، همه چیز به صورت معنویت در می‌آید؛ یعنی مادیات هم به صورت معنویت در می‌آید. به عکس، اگر چنانچه قشرها شیطانی باشند و از دانشگاه ما و شما انسانهای منحرف بیرون بیایند، معنویات هم به صورت مادیات درمی‌آید؛ فانی در مادیات می‌شود. ‌

... دانشگاه مبدأ همۀ تحولات است. از دانشگاه، چه دانشگاه علوم قدیمه چه دانشگاه علوم جدیده. از دانشگاه سعادت یک ملت و در مقابل سعادت، شقاوت یک ملت سرچشمه می‌گیرد. دانشگاه را باید جدیت کرد، جدیت بکنید دانشگاه را درستش کنید، دانشگاه را اسلامی‌اش کنید. مملکت ما برای اسلام زحمت کشیده است و باید برای اسلام زحمت بکشد و می‌کشد و همه چیزش باید اسلامی بشود. همین توقع نباشد که دولت اسلامی باشد؛ خیر، همه چیز باید اسلامی بشود. همۀ قشرها باید قشر اسلامی باشد؛ که هر کس بیاید ببیند جمعیت را، ببیند که یک جمعیت الهی اینها هستند؛ یک جمعیت اسلامی اینها هستند. الان وقتی است که خدای تبارک و تعالی ما را امتحان‌ می‌کند.

شما دانشگاهیها کوشش کنید که انسان درست کنید. اگر انسان درست کردید، مملکت خودتان را نجات می‌دهید. اگر انسان متعهد درست کردید، انسان امین، انسان معتقد به یک عالم دیگر، انسان معتقد به خدا، مؤمن به خدا، اگر این انسان در دانشگاههای شما و ما تربیت شد، مملکت‌تان را نجات می‌دهد بنابراین کار، کار بسیار شریف، و مسؤولیت، مسؤولیت بسیار زیاد.

الآن این مسؤولیت به دوش ما و شماست. این‌ مسؤولیت بزرگ، یعنی سعادت ملت را شما و ما باید بیمه کنیم: مقابل خدا، الآن همه مسؤولیم. باید همۀ ما کوشش کنیم، دانشگاه کوشش کند، دانشگاههای دینی کوشش کنند، دانشگاههای علمی‌شما کوشش کنند، انسان درست کنند همه دنبال این باشید: انسان. ‌»

ایشان در وصیت‌نامه خود با مخاطب قرار دادن جوانان و دانشجویان کشور، وصیت کردند: «... ‌و این جانب به همه نوجوانان و جوانان در مرحله اول، و پدران و مادران و دوستان آنها در مرحله دوم، و به دولتمردان و روشنفکران دلسوز برای کشور در مرحله بعد وصیت می‌کنم که در این امر مهم که کشورتان را از آسیب نگه می‌دارد، با جان و دل کوشش کنید و دانشگاهها را به نسل بعد بسپرید. و به همه نسل‌های مسلسل توصیه می‌کنم که برای نجات خود و کشور عزیز و اسلامِ آدم‌ساز، دانشگاهها را از انحراف و غرب و شرق زدگی حفظ و پاسداری کنید و با این عمل انسانی- اسلامی‌خود دست قدرتهای بزرگ را از کشور قطع و آنان را ناامید نمایید. خدای‌تان پشتیبان و نگهدار باد. ‌»

امام خمینی در تاریخ ۳۱ شهریور ۱۳۵۸در جمع تعدادی از استادان، دانشجویان و دانش‌آموزان، گفتند: «... در آغاز باز شدن دانشگاهها و دانشسراها و دبیرستانها و دبستانها ممکن است اشخاصی یا گروههایی بخواهند با اسمهایی و تبلیغاتی فریبنده در کار دانشگاهها اخلال کنند، و از رفتن سر کلاسها جلوگیری نمایند.

عزیزان دانشگاهی و محصِّلین سایر مدارس با بی‌اعتنایی و سردی با آنان مواجه شوند، و توطئه آنان را خنثی نمایند و بدانند که از اول انقلاب تاکنون، هم اینان بودند که از مسیر ملت جدا و در مسیر طاغوت، و از انقلاب‌ ‌اسلامی بر کنار یا بر ضد آن فعالیت می‌کردند. هم اینان بودند که از رفراندم می‌خواستند جلوگیری کنند و هم اینانند که از رأی اکثریت قریب به اتفاق ملت سرپیچی می‌کنند. اینان با ملت و مصالح کشور مخالف، و وابسته به شرق و غرب و رژیم سابق هستند. به تبلیغ آنان گوش فرا ندهید و از آنان احتراز کنید، همانند احتراز از طاغوت و رژیم ‌طاغوتی.

... آنچه کرارا تذکر داده‌ام و رمز پیروزی است؛ اتحاد گروههای دانشجویی و تشکیل یک گروه اسلامی ـ ملی است در مقابل منحرفان که کوشش دارند تفرقه بیفکنند و شما جوانان عزیز را ـ که امید کشور هستید و سعادت و ترقی میهن بسته به فعالیت شماست ـ به تباهی بکشند و نگذارند در راه تعالی کشور قدم بردارید، و به علم و ادب ـ که مایۀ پیشرفت و رهایی از استعمار و استثمار نو و کهنه است ـ اشتغال پیدا کنید. و باید بدانید اختلاف و تفرقه سرچشمۀ تمام بدبختیها و اسارتهاست.

ممکن است عناصر فاسدی در دانشگاه و سایر مدارس در بین جوانان ما نفوذ کنند و با برنامه ای حساب شده تفرقه‌افکنی کنند. لازم است با هوشیاری آنان را شناسایی کنید و بشناسانید، که جوانان عزیز ما از توطئه آنان مطلع شوند و در راه خنثی نمودن آن کوشا شوند.

باید کوشش در راه علم و به دست آوردن تخصص در رشته‌های مختلفه اساس فعالیت دانشجویان عزیز باشد؛ که نیازمندیهای میهن به دست خود آنها برآورده و کشور ما با کوشش شما خودکفا شود. مع‌الأسف در دوران گذشته اساس بر آن بود که ما را در هر چیز وابسته کنند؛ و با ملت ما آن کنند که دستش برای هر چیز پیش دیگران دراز باشد. شما عزیزان کوشش کنید که از این وابستگی بیرون آیید و احتیاجات کشور خودتان را برآورید. و از نیروی انسانی و ایمانی خودتان غافل نباشید، و از اتکال به اجانب بپرهیزید؛ و استقلال خود را در تمام ابعاد بیمه کنید. و از هیاهوی غرب و غربزدگان.

... اسلام دین مستند به برهان و متکی به منطق است؛ و از آزادی بیان و قلم ‌نمی‌هراسد، و از طرح مکتبهای دیگر، که انحراف آنها در محیط خود آن مکتب‌ها ثابت و در پیش دانشمندان خودشان شکست خورده هستند، باکی ندارد. شما دانشجویان محترم. نباید با پیروان مکتبهای دیگر با خشونت و شدت، رفتار و درگیری و هیاهو راه بیندازید. خود با آنان به بحث و گفت‌وگو برخیزید و از دانشمندان اسلامی دعوت کنید با آنان در بحث بنشینند، تا تهی بودن دست آنان ثابت شود و اگر آنان با جنجال و هیاهو با شما مواجه شدند، از آنان اعراض کنید؛ و با خونسردی بگذرید که یکی از نقشه‌های آنها آن است که شما را به درگیری بکشند و از آن استفادۀ غیر مشروع کنند. ما با آزادی و منطق موافق، ولی اگر توطئه و خرابکاری باشد، تکلیف دیگری داریم و از خداوند متعال خواستارم که کار به آنجا نکشد.

... یکی از مسائل بسیار مهم در تمام دستگاهها، خصوصا دانشگاه‌ها و دبیرستان‌ها، تغییرات بنیادی در برنامه‌ها و خصوصا برنامه‌های تحصیلی، و روش آموزش و پرورش است، که دستگاه فرهنگ ما از غربزدگی و از آموزش‌های استعمار نجات یابد. اجانب خصوصا آمریکا، در نیم قرن اخیر کوشش داشتند و دارند فرهنگ و برنامه های فرهنگی و علمی ما را از محتوای اسلامی ـ انسانی ـ ملی خود خالی، و به جای آن فرهنگ استعماری استبدادی بنشانند.

فرهنگ زمان طاغوت، کشور ما را تا لب پرتگاه سقوط کشاند؛ و خداوند تعالی به داد این کشور اسلامی رسید، ولی بدون تغییرات صحیح بنیادی و تحول فرهنگی و علمی امکان تحول فکری و روحی نیست و باید با کوشش همه جانبه از طرف دولت و رؤسای دانشگاهها و فرهنگیان و جوانان دانشجو به مقصود نزدیک شویم؛ و - ان شاءالله تعالی - از پیوستگی و وابستگی نجات پیدا کنیم، و کشور عزیزمان را نجات دهیم.

مراکز علمی و فرهنگی قدیم و جدید و روحانیون و دانشمندان فرهنگی و طلاب علوم دینیه و دانشجویان دانشگاهها و دانشسراها دو قطب حساس و دو مغز متفکر جامعه هستند. ‌

... و از نقشه‌های اجانب کوشش در جدایی این دو قطب و تفرقه‌اندازی بین این دو مرکز حساس آدم ساز بوده و هست. جدا کردن این دو مرکز، و در مقابل یکدیگر قرار دادن‌ آنها، و در نتیجه خنثی کردن فعالیت آنها در مقابل استعمار و استثمارگران، از بزرگترین‌ فاجعه های عصر حاضر است.

فاجعه‌ای که ما و کشور ما را تا آخر به تباهی و نسل جوان‌ ما را ـ که از زمرۀ زنده ترین مخازن کشور است ـ به فساد می‌کشد. این توطئه شیطانی‌ طاغوتی را، که اکنون قشرهای ملت و خصوصا دانشمندان بیدار بدان توجه کرده‌اند، باید با به کار بردن تمام تدبیر و توان خنثی کرد؛ و راه تفاهم و اتحاد را هرچه سریعتر و سریعتر باز نمود. با وحدت این دو قطب متفکر کشور عزیز به رشد واقعی و ترقی و تعالی حقیقی‌ می‌رسد. علما و دانشمندان این دو مرکز لازم است کوشش کنند در پیوند دادن این دو قشر عزیز و باید بدانند که نه دانشگاهی بدون روحانی می تواند به استقلال برسد؛ و نه‌ روحانی بدون دانشگاهی.»

ایشان در دومین سال تعطیلی دانشگاه‌ها و مدارس کشور در تاریخ ۲۸  آذر ۱۳۶۱ در دیداری که محسن رضایی و احمد سالک فرمانده سپاه و سرپرست بسیج مستضعفان و جمعی از ‌مسؤولان پایگاههای مقاومت،  اعضای بسیج سپاه پاسداران و مربیان بسیج از  سراسر کشور خاطرنشان کردند: «اگر دانشگاه ما دانشگاه خودی بود؛ دانشگاه، دانشگاهی نبود که دنبال فرهنگ وارداتی باز بشود، آن درآمدهایی که داشت، آن نبود که در آنوقت بود. شما از آن چیزهایی که از دانشگاههای آن وقت درآمد ـ البته من نمی‌خواهم همه را بگویم، استثنا دارد، اما استثنایش کم است ـ آنهایی که از دانشگاه بیرون آمدند و سیل آنها راه افتاد به طرف انگلستان و فرانسه و اخیرا آمریکا، ببینید که اینها در دانشگاه چی تهیه کردند؟ وقتی رفتند در خارج چی تهیه کردند و برای ما چی سوغات آوردند؟

افرادی که آن وقت از دانشگاه بیرون آمده بودند و تحصیلات‌شان را هم در خارج کرده بودند و برگشتند در ایران، همان‌هایی بودند که وزرای آن وقت را و بسیاری از وکلای آن وقت را آنها تشکیل می‌دادند. این وزرای آن وقت و آن وکلای آن وقت چه می‌کردند در ایران؟ برای ایران چه تحفه می‌آوردند؟ تمام کوشش آنها این بود که رضایت در یک برهه‌ای، انگلستان را و بعدش آمریکا را فراهم کنند.

در رأس همه هم، که در آن زمان رضاخان بود و در زمان بعد، محمدرضا خان بود؛ آن هم تمام کوشش‌اش این بود که آنها راضی بشوند؛ برای اینکه، می‌دید که اگر آنها راضی نباشند، این از بین می‌رود. وقتی خودخواه بود و می‌خواست خودش باقی بماند، به این کار نداشت ملت است؛ هر چه می‌خواهد باشد، من باشم؛ هر که باشد، هر که نباشد.»