منطق استقراگرایی جدید بیکن به ما می گوید که چگونه بررسی خود را درباره گستره ای از پدیده ها آغاز کنیم و تصور بر این است که تولید تعمیم های کلی و قوانین، نتیجه خود به خودی به کارگیری مکانیکی این روش است. در دوره ای طولانی از تاریخ علم، اعتقاد شایع این بود که قوانین تنها باید در صورتی پذیرفته شوند که در عمل از داده های تجربی استخراج شده باشند.

نیوتن مدعی بود که درگیر گمان پردازی نشده و تنها قوانین علم مکانیک را از مشاهدات استنتاج کرده است. هم اکنون می دانیم که در بسیاری از موارد جالب توجه چنین کاری ناممکن است. حتی قوانین نیوتن نیز نمی توانند صرفا از داده ها به دست آمده باشند و ادعاهایی مانند آنچه او مطرح کرده است، امروزه جدی گرفته نمی شود.

اگر تنها یک نکته از مباحثات انجام گرفته درباره روش علمی قرن بیستم فراگرفتنی باشد، آن است که تولید نظری های علمی، به طور کلی، یک فرآیند مکانیکی نیست، بلکه فعالیتی خلاقانه است. اگر این امر درست باشد، هنگامی که درباره روش شناسی علمی فکر میکنیم، شاید باید میان نحوه پیدایش نظریه ها در ذهن و فرآیند بعدی آزمودن آنها تمایز قائل شویم. این تمایز در آثار پوپر کاملا محوری است، زیرا وی معتقد است که فلسفه علم در واقع به امر دوم می پردازد.

پوپر یکی از اولین فیلسوفان علم بود که تاکید داشت هنگامی که دانشمندان می کوشند نظریه ای را صورت بندی کنند، ممکن است از منابع مختلفی مانند باورهای متافیزیکی، رویاها، آموزه های مذهبی و مانند آنها الهام بگیرند و معتقد بود که اتکا به هیچ یک از این منابع نامشروع نیست، چرا که به نظر او، منشأ علمی یک فرضیه ارتباطی با جایگاه آن در علم ندارد. نحوه گمان پردازی و تخیلی را که دانشمندان به کار می گیرند، نمی توان صوری کرد یا به مجموعه ای از قواعد تقلیل داد. این نکته علم را بیش از آنچه به نظر می رسد، به هنز نزدیک می کند. از سوی دیگر؛ علم با هنر از این جهت تفاوت دارد که در معرض آزمون تجربی است و این تجربه است که باید داور نهایی در هرگونه مناقشه علمی باشد. پوپر فکر می کرد که وظیفه فلسفه علم به عهده گرفتن تحلیل منطقی آزمون نظریه های علمی از طریق مشاهده و آزمایش استو نه تبیین این امر که نظریه ها چگونه شکل می یابند:

به نظر من، عمل تکوین یا با ابداع یک نظریه نه موضوع تحلیل منطقی است و نه آمادگی چنین تحلیلی را دارد. این پرسش که چگونه یک اندیشه جدید پدید می آید .... شاید برای روان شناسی تجربی جذابیت زیادی داشته باشد، اما ارتباطی به تحلیل منطقی معرفت ندارد. (پوپر ۲۷،۱۹۳۴).

بدین ترتیب، از نظر پوپر، تاریخ علم و داستان چگونگی به وجود آمدن نظریه های مختلف و توسعه و پذیرش آنها را در مقام می توان بررسی کرد: مقام کشف و مقام توجیه. دیدگاه مذکور مطابق با این شهود است که ایده ها از صاحبان آنها استقلال دارند. این امرکه هیتلر گیاهخوار بوده است، استدلالی علیه گیاهخواری نیست و به همین شکل، خاطر نشان کردن این نکته که نیوتن کیمیاگر بوده و علاقه ای وسواس گونه به کتاب های مجعول درباره زندگی عیسی مسیح داشته است، استدلالی علیه مکانیک نیوتنی نخواهد بود. از سوی دیگر، ذکر این امر که انیشتین صلح طلب بوده است، استدلالی به نفع صلح طلبی نیست. به طور کلی، شاهد موید یک فرضیه مستقل از این است که چه کسی به آن فرضیه باور دارد و چه کسی بدان باور ندارد، و اینکه یک ایده بخصوص واقعا ایده خوبی است یا خیر، مطلقا مستقل از این موضوع است که کسی که اول بار به فکر آن افتاده فرد نابغه ای بوده است یا نادان. این استدلال پذیرفتنی به نظر می رسد که ارزیابی شاهد یک فرضیه باید بدون توجه به اینکه فرضیه مورد بحث چگونه، چرا و توسط چه کسی شکل گرفته است، انجام گیرد. چنین تمایزی میان منشاء علی نظریه ها و درجه تایئد آنها اغلب در دفاع از عینیت معرفت علمی با اهمیت تلقی شده است.

اگر تمایز میان تولید نظریه های علمی و آزمون بعدی آنها را بپذیریم، دیگر دچار این اشکالات روش شناسی علمی بیکن خواهیم شد که ممکن نیست خود را به هنگام انجام مشاهدات از همه پیش فرض هایمان رها سازیم و نیز اینکه دانشمندان نیاز دارند تا نظریه های پس زمینه ای راب رای توسعه نظریه های جدید به کار برند.در واقع، بیکن خود میان آزمایش های "کور" و "طراحی شده" تمایز قائل میشد و معتقد بود که آزمایش های طراحی شده در علم بسیار مفیدترند، زیرا به ما اجازه می دهند که از میان دو فرضیه رقیب که داده های فعلی را به نحوی یکسان تبیین می کنند، دست به انتخاب بزنیم.

طرح بیکن آن است که دانشمندانی که با انتخابی میان دو نظریه رقیب مواجه هستند، باید وضعیتی تجربی را شکل دهند که فرضیه ها نتایج متفاوتی را در مورد آن پیش بینی کنند. این امر درست همان چیزی است که پوپر بر آن اصرار می ورزید، و برخی استدلال کرده اند که تقریر متعارفی از روش شناسی بیکن است که دیدگاه های نادرست او را بیان می کندو این واقعیت را نادیده میگیرد که بیکن پیشتر در طرح دیدگاهی که بعدها دیدگاه فرضیه ای – قیاسی خوانده شده، تقدم داشته است.

این عنوان به دیدگاهی رایج شده است که طبق آن، علم اساسا فرآیندی شامل ابداع فرضیه ها و استنتاج نهایی از آنهاست که بتوان آنها را از طریق تجربه آزمود. چنین آزمایش هایی غالبا آزمایش های سرنوشت ساز خوانده می شود.

نمونه مشهوری از این دست، آزمایشی است که دانشمندان فرانسوی در قرن هجدهم انجام دادند تا میان نظریه گرانش نیوتن و نظریه پیروان رنه دکارت داوری کنند. دیدگاه نخست پیش بینی کرده بود که زمین کاملا کروی نیست، بلکه قطب هایش به علت نیروهای گرانشی قدری مسطح شده است و دیدگاه دوم پیش بینی کرده بود که زمین در ناحیه دو قطب کشیده و باریک شده است.

فرانسویان گروه هایی را گسیل کردند تا ابعاد زمین را تعیین کنند و نتیجه کمابیش مطابق با چیزی بود که نظریه نیوتن پیش بینی کرده بود.

از این دست موارد، در تاریخ علم فراوان می توان نام برد و به آنها اشاره کرد.